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Le montant de la première phase (9,7 milliards de francs) est subdivisé en crédits d'objet. Ceux-ci comprennent les investissements pour les tunnels de base du Saint-Gothard et du Lötschberg, l'aménagement de la Surselva, les aménagements de lignes sur le reste du réseau (axe du Lötschberg) et la surveillance du projet.
Le montant de la seconde phase (2,9 milliards de francs) porte sur le reste des investissements pour la NLFA avec les tunnels du Ceneri, du Zimmerberg et du Hirzel, les améliorations entre Saint-Gall et Arth-Goldau et les aménagements de lignes sur le reste du réseau (axe du Saint-Gothard).
La division en crédits d'objet et en un poste de réserves accroît la transparence. La réserve de 15 pour cent est prévue pour couvrir les coûts imprévus et stabiliser l'ensemble du financement. Le Conseil fédéral propose que le Parlement libère ces réserves en approuvant le crédit global et qu'il lui en confie la gestion. Cette solution permettra plus de flexibilité et empêchera des retards dans le déroulement des travaux. Le renchérissement, les intérêts intercalaires et la TVA ne sont pas inclus dans le crédit global. Ils seront périodiquement ajoutés par une augmentation des crédits d'objet.
Voici la répartition des crédits d'objet par ouvrage et par phase du projet:
Investissements en millions de francs. Crédits d'objet par ouvrage
1ère phase libérée 2e phase bloquée
Total Surveillance du projet 65 - 65
Axe Lötschberg 2'754 - 2'754
Axe Saint-Gothard 5'410 1'202 6'612
Aménagement de la Surselva 105 - 105
Raccordement de la Suisse orientale 40 810 850
Aménagements St-Gall - Arth-Goldau 5 69 74
Aménagements de lignes sur le reste du réseau 214 257 471
Réserves 1'107 602 1'669
Le nouveau crédit global pour la NLFA inclut les crédits d'engagement libérés jusqu'ici d'un montant de 2,5 milliards de francs pour la réalisation du projet de NLFA (y compris l'intégration de la Suisse orientale). Sur ce montant, environ 570 millions de francs étaient réservés au Lötschberg, 1,1 milliard au Saint-Gothard et 850 millions au raccordement de la Suisse orientale à la ligne du Saint-Gothard.
Le Conseil fédéral recevra du Parlement la compétence de gérer lui-même les 9,7 milliards de la première phase. Il pourra aussi opérer des mutations mineures entre les crédits d'objet et les libérer par tranches plus petites et échelonnées dans le temps. Le montant de 2,9 milliards de francs de la seconde phase restera d'abord bloqué. Dans cinq ou six ans, le Conseil fédéral devra présenter un nouveau projet d'allocation au Parlement