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Contrairement aux textes de 1963 et 1976, la nouvelle convention ne se limite pas à l’amélioration de la qualité des eaux. Les Etats contractants (Suisse, France, Allemagne, Luxembourg et Pays-Bas) s’engagent également à protéger la faune et la flore du fleuve et des rives. Il s’agit donc de préserver et de restaurer des habitats aussi naturels que possible et de rétablir au mieux le cours initial du fleuve. La convention vise en outre à prévenir les crues en tenant compte des exigences écologiques afin de mieux armer les riverains contre les crues exceptionnelles.
Par ailleurs, le principe de précaution garant de la politique environnementale fait son apparition dans la convention, de même que la coopération avec les organisations non gouvernementales. Celles-ci bénéficient du statut d’observateur, peuvent envoyer des représentants aux réunions de la Commission internationale pour la protection du Rhin (CIPR) et participer activement à ses travaux. L’échange d’informations avec divers groupes d’intérêts, déjà pratiqué depuis plusieurs années, est donc officialisé et élargi.Un succès pour la protection de l’environnement
Les choses ont beaucoup changé depuis la première convention internationale conclue en 1963. Philippe Roch, directeur de l’OFEFP, a déclaré lors de la signature de la Convention que la «guérison» du Rhin était un succès sans précédent pour l’environnement. Selon lui, en effet, on ne connaît pas dans le monde d’autre système fluvial aussi vaste ayant pu être restauré grâce à la collaboration fructueuse de tous les pays concernés. La qualité de l’eau s’est sensiblement améliorée au cours des dernières décennies. En l’espace de dix ans, la quantité de polluants dans le Rhin a diminué de moitié. Le programme d’action Rhin (Saumon 2000) a permis de réintroduire le saumon disparu dans les années 50, dans un premier temps jusqu’à la retenue d’Iffezheim sur le Haut-Rhin, équipée maintenant d’une échelle à poissons. Cependant, pour que la population de saumons reste stable et puisse survivre, il faudra installer d’autres échelles le long du fleuve et ses affluents afin de permettre aux saumons de franchir les différentes retenues.