Les investissements liés au FAIF permettront d'introduire à long terme la cadence semi-horaire sur de nombreux tronçons, voire la cadence au quart d'heure dans certaines zones urbaines et agglomérations. Les aménagements seront réalisés par étapes.
Le Conseil fédéral a fixé l'entrée en vigueur des dispositions constitutionnelles ainsi que des lois fédérales et des ordonnances adaptées concernant le FAIF à début 2016. Les travaux relatifs à la mise en œuvre de l’étape d'aménagement 2025 prévue par le FAIF et la planification des étapes suivantes ont démarré.
Les premières mesures d'aménagement d'ici 2025, d'un montant de 6,4 milliards de francs, comprendront des investissements dans les tronçons suivants : Lausanne-Genève, Berne-Lucerne, Zurich-Coire, Lucerne-Giswil, Bellinzone-Tenero, Zermatt-Fiesch et bien d'autres. La Confédération veut adapter l’offre ferroviaire à la demande croissante en instaurant des cadences supplémentaires à la demi-heure et au quart d’heure. Pour ce faire, il s’agit de consacrer 12,89 milliards de francs à l’amélioration de l’infrastructure ferroviaire dans le cadre de l’étape d’aménagement 2035.