Nach Ablauf der Betriebszeit der Schweizer Kernkraftwerke muss für rund 83'000 m3 für das Tiefenlager verpackte Abfälle eine sichere Entsorgung möglich sein. Bis dahin werden die radioaktiven Abfälle in gut gesicherten Hallen an der Erdoberfläche in der Nähe der Kernkraftwerke und in zwei zentralen Zwischenlagern im Kanton Aargau gelagert.
Die Einlagerung in unterirdische Gesteinsschichten ist nach heutigem Kenntnisstand die sicherste Lösung, um die radioaktiven Abfälle für lange Zeit sicher einzuschliessen. Das Kernenergiegesetz schreibt deshalb die geologische Tiefenlagerung vor.
Für die Entsorgung radioaktiver Abfälle sind in der Schweiz die Verursacher verantwortlich. Konkret sind dies die Kernkraftwerksbetreiber sowie - für die Abfälle aus Medizin, Industrie und Forschung - der Bund. Zur Umsetzung dieser Aufgabe haben Betreiber und Bund 1972 die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle (Nagra) gegründet.
Die Standortsuche für geologische Tiefenlager ist im Sachplan geologische Tiefenlager geregelt. Sie läuft seit 2008 in drei Etappen, in denen die Auswahl der Standortgebiete schrittweise eingeengt wurde. Am Schluss jeder Etappe entscheidet der Bundesrat über das weitere Vorgehen. Seit 2018 läuft die dritte und letzte Etappe. Im September 2022 hat die Nagra bekannt gegeben, dass sie das geplante geologische Tiefenlager im Standortgebiet Nördlich Lägern (Kantone Aargau und Zürich) und die Verpackungsanlage für die Brennelemente am Standort des bestehenden zentralen Zwischenlagers in Würenlingen (Kanton Aargau) erstellen will. Die Nagra hat im November 2024 die nötigen Rahmenbewilligungsgesuche eingereicht, die von den Sicherheitsbehörden des Bundes geprüft werden. Der Bundesrat wird gegen Ende der 2020er Jahre über die Rahmenbewilligungen entscheiden und diese Entscheide dann der Bundesversammlung zur Genehmigung vorlegen. Diese Genehmigung untersteht dem fakultativen Referendum.
Zur Sicherstellung der Finanzierung der Stilllegung der Kernanlagen und der Entsorgung der radioaktiven Abfälle zahlen die Betreiber der Schweizer Kernkraftwerke (KKW) regelmässig in den Stilllegungs- und den Entsorgungsfonds ein, die unter Aufsicht des Bundesrats stehen. Die voraussichtlichen Kosten werden alle fünf Jahre mit Kostenstudien überprüft, die vom Eidgenössischen Nuklearsicherheitsinspektorat ENSI und von unabhängigen Kostenexpertinnen und -experten aus dem In- und Ausland überprüft werden.